Can I get one with sugar and one without sugar, please?
「ひとつは砂糖入りで、もうひとつは砂糖無しで」は英語で Can I get one with sugar and one without sugar, please? になります。
例えば、
A: What can I get for you? ご注文をお伺いいたします/ご注文は何になさいますか?
B: Can I get 2 coffees, please? コーヒー2つください。
A: Sure. かしこまりました。
B: Oh, can I get one with sugar and one without (any) sugar, please? あ!ひとつは砂糖入りで、もうひとつは砂糖なしでお願いします。
A: Sure. Not a problem. はい、かしこまりました。