He was assassinated by a samurai loyal to the government.
He was assassinated: 「彼は暗殺された」という意味です。assassinate は「政治的・公的な重要人物を暗殺する」という動詞で、単に殺された(killed)というよりも歴史的な意味合いを伴います。
by a samurai loyal to the government: 『政府に忠実な武士によって』という意味です。loyal to は「〜に忠実な」という表現で、「政府側」という所属や立場を明確に示します。