At the hair salon, I went in to darken my hair, but this part here dyed with a highlight, has a different color.
ご質問ありがとうございます。
「ここだけ色が違う」は英訳すると「Only the color here is different.」になります。
できれば、言うとき、指を指しながら、髪の毛を見せた方がよいと思います。
また、「美容院で髪を暗くしたら、ハイライト入れてたところだけ違う色になった」は英訳すると「At the hair salon, I went in to darken my hair, but this part here dyed with a highlight, has a different color.」になります。
2つ目の英文は長いですが、分かりやすいと思います。
ご参考になれば幸いです。