I am motivated and do want to go to school, but my emotions tell me that I can't do so.
ご質問ありがとうございます。
"I am motivated"=「やる気があります」
"and do want to go to school,"=「そして学校には行きたいです」
"but my emotions tell me that I can't do so."=「でも私の感情がそれを実行できない、と伝えています。」
☆"emotions"の代わりに"feelings"を使うことも可能です。
ご参考に。