I am motivated and do want to go to school, but my emotions tell me that I can't do so.
ご質問ありがとうございます。
"I am motivated"=「やる気があります」
"and do want to go to school,"=「そして学校には行きたいです」
"but my emotions tell me that I can't do so."=「でも私の感情がそれを実行できない、と伝えています。」
☆"emotions"の代わりに"feelings"を使うことも可能です。
ご参考に。
「やる気はあるんだけど、気持ち的に無理」という表現は、英語でI want to, but I just can't mentally handle itと表すことができます。「やる気はある」はI want toで、「気持ち的に無理」はmentally handle itを使って表現します。can'tを使うことで「できない」というニュアンスを加えています。
質問補足の表現:
My child says they want to go to school, but mentally they just can't handle it right now.
「子どもは学校に行きたい気持ちはあるが、今は気持ち的に無理だと言っています。」