I'm doing clerical work at a company that does physical exams
a company that does physical exams
健康診断を行っている
直訳的なhealth examも通じると思いますが、英語でその定期的な健康診断をphysical examやphysicalで表現します。例えば、9月に健康診断を受けた=I got a physical in September.
I'm doing clerical work
事務職として働いています
直訳的なI'm working as a clerkも通じますが、ちょっと不自然です。実際は受付や会計の人についてあまり聞いたことないです。
ご参考になれば幸いです!