手紙に「ありがとう」と文字が書かれていた　って英語でなんて言うの？

ご質問ありがとうございます。 確かに「文字」(letters)を使うと"The letters of "thank you" were written in the letter"となってしまいますが、このような文脈では「文字」ではなく、「単語」(words) を使えば混同することはありません。 "The words, 'thank you', were written in the letter."＝「『ありがとう』という単語が手紙に書かれていた。」 ご参考に。