I'm sure that he is thinking "why am I here?" at this moment.
ご質問ありがとうございます。
① "He is surely thinking now 'why am I here?'"=「彼はきっと『なぜ俺はここに居るのだろう』と今、考えている。」
② "I'm sure that he is thinking 'why am I here?' at this moment."=「彼は『なぜ俺はここに居るのだろう』とこの瞬間、必ず考えていると私は思う。」
ご参考に。