An agent in Japan affiliated with the agency you work with has contacted us.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
『そちらの依頼したところの日本の代理店から連絡が来ました』は、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
An agent in Japan affiliated with the agency you work with has contacted us.
と言えます。
また、
Your agent in Japan told us they received some documents from a local company.
とすると、『そちらの日本の代理店が現地の会社から書類を受け取ったと教えてくれました。』とも言えます。この場合の『現地』を明確に『どこ』または『だれ』とするとより伝わりやすくなるかもしれないですね!
参考になれば幸いです。