彼とは相性が悪かったんだと思うって英語でなんて言うの？

こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば以下のような英語表現はいかがでしょうか：

I think we had bad chemistry.
私たちは相性が悪かったんだと思う。

We didn't get along.
私たちは仲良くできなかった。

have bad chemistry で「相性が悪い」を英語で表すことができます。
have good chemistry なら「相性が良い」となります。

ぜひ参考にしてください。