こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば以下のような英語表現はいかがでしょうか：
I think we had bad chemistry.
私たちは相性が悪かったんだと思う。
We didn't get along.
私たちは仲良くできなかった。
have bad chemistry で「相性が悪い」を英語で表すことができます。
have good chemistry なら「相性が良い」となります。
ぜひ参考にしてください。
We had a hard time getting along when we were together.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI don't think we were very compatible.
「私たちは相性が悪かったんだと思う」
相性は compatible を使っても言えます。
ーWe had a hard time getting along when we were together.
「付き合っていたときなかなか（関係が）うまくいかなかった」＝「相性が合わなかった」とも言えます。
ご参考まで！
アメリカ合衆国 
カナダ 
