The amount left over will be deducted from the next charge.
Since there was an excess budget, that amount will be deducted from the next bill budget.
ご質問ありがとうございます。
「余った分は次期請求から差し引きます」は英語で「The amount left over will be deducted from the next charge.」と言います。
また、「予算額が余ったので、次回の予算請求の際にその分を差し引いて請求します」と伝えたいなら、そうすると、「Since there was an excess budget, that amount will be deducted from the next bill budget.」という風に言えます。
1つ目の英文より2つ目の英文の方がわかりやすいと思います。
ご参考になれば幸いです。