I paid the shipping fee and customs tax when I sent it.
ご質問ありがとうございます。
「払った」はpaidです。現在形はpayですので、過去形にするとyをidに変えることに気を付けてください。
「関税」はcustoms taxとcustoms dutyです。dutiesとcustomsだけに短縮されることが多いです。
例文:I paid the customs and shipping fees when I sent it.
ご参考になれば幸いです。