appreciate を使って言うなら、次のように言えます。
ーI appreciate you taking my class.
「私のクラスを取ってくれてありがとう」
この他にも次のような言い方も自然な感じで良いですよ。
ーI'm thankful you decided to take my class.
「私のクラスを取ることにしてくれて感謝です」
ーI'm really glad you were in my class.
「あなたが私のクラスにいてとても嬉しいです」
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
「appreciate」という英単語を使いたいなら、「私の授業を取ってくれてありがとう」の場合、「I truly appreciate you taking my class.」になります。
また、別の言い方で「I appreciate that you joined my class」でも言えます。
ご参考になれば幸いです。
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
I appreciate you taking my classes.
あなたが私の授業を取ってくれて感謝しています。
他には：
Thank you so much for taking my classes.
Thanks for always taking my classes.
ぜひ参考にしてください。
カナダ 
アメリカ合衆国 
