improve the intestinal environment and prepare/arrange autonomic nerves
ご質問ありがとうございます。
「自律神経」はautonomic nervesです。「整える」はregulateですが、autonomic nervesをregulateすることは無理ですので、他の動詞を使う必要があると思います。
「環境」はenvironmentです。体に対してもenvironmentを使えますが、healthもよく使われています。
例文:Let's work on the autonomic nerve response to improve intestinal health and function.(腸内環境をよくして、腸の働きを高めて、自律神経を整えよう。)
ご参考になれば幸いです。