ーI love putting kiwi fruit in my yogurt.
「ヨーグルトにキウィを入れるのが好きです」
to put kiwi fruit in one's yogurt で「ヨーグルトにキウィを入れる」と言えます。
ーI like eating kiwi fruit with yogurt.
「ヨーグルトとキウィを一緒に食べるのが好きです」
この場合、キウィはヨーグルトの中に入っているかもしれないし、上に乗っているかもしれないけど、一緒に食べるのが好きだという言い方です。
ご参考まで！
カナダ 
