I looked at both stores but I couldn't find what I was looking for.
この場合、次のような言い方ができます。
ーI looked at both stores but I couldn't find what I was looking for.
「両方の店を見たけど、探していたものは見つけられなかった」
「両方の店」とはニュアンスが違いますが、このような言い方もできます。
ーI looked at two different stores but neither store had what I was looking for.
「２店舗見てみたけど、どちらの店も探しているものを売っていなかった」
ご参考まで！
I looked at both of the stores, but I couldn't find what I was looking for.
おっしゃられている内容は、以下のように表現できると思います(*^_^*)
I looked at both of the stores, but I couldn't find what I was looking for.
「両方の店を見たけど、でも探していたものを見つけることはできなかった」
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)
I went to check out both of the stores for the item we're looking for, but I couldn't find it.
ご質問ありがとうございます。
"I went to check out both of the stores"＝「両方の店を見に行った」
（☆ "went to"を省いて "check out" を "checked out" と過去形にしてもOKです。➔ "I checked out both of the stores" ）
"for the item we're looking for,"＝「私たちが探しているもののために」
"but I couldn't find it."＝「でもそれを見つけられなかった。」
ご参考までに。
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