友人間のカジュアルな会話で使うなら、I was like, you didn't like me. と言うことはできますが、それ以外だとあまりスマートな感じがしないので、次のような言い方をすると良いでしょう。
ーI didn't think you liked me.
「あなたは私のことが嫌いだと思った」
ーI had it in my head that you didn't like me.
「あなたは私のことを嫌っていると思っていた」
ご参考まで！
ご質問ありがとうございます。
・「I thought you didn't like me.」
（意味) 私のこと好きじゃないと思ってた
<例文>Oh, I thought you didn't like me so I'm quite surprised.
<訳>私のこと好きじゃないと思ってたからびっくりしてる。
参考になれば幸いです。
カナダ 
アメリカ合衆国 
