この場合、次のような言い方ができますよ。
ーSome days it works, and some days it doesn't.
「効く日もあれば、効かない日もある」
to work で「薬などが効く」
ーIt's effective some days, but not others.
「ある時は効くが、ある時は効かない」
effective で「効力がある」
例:
I take a laxative every day, but some days it works, and some days it doesn't.
「毎日下剤を飲んでいるが、効く日もあれば、効かない日もある」
ご参考まで!