例えば授業で教師が大勢の生徒に向かって言う場合、
a. Raise your hand.
b. Raise your hands.
どちらが正解でしょうか?
bの方は、(それぞれの人が)両手を上げるようなイメージだと思ったのですが。
教師が授業中に生徒に向かって「手を挙げて」と言う場合は、Raise your hand. と言うのが自然です。生徒が大勢いても、それぞれの生徒に対して言っていると考えると良いでしょう。
Raise your hands. と言うと、Junさんのおっしゃるように、両手を挙げてという意味に取れます。
ちなみに警官が悪者に「手をあげろ」と言うのは、Put your hands in the air. や Hands in the air. などと言い、両手を挙げるので hands と言っていますよね。
ご参考まで!