こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
When I examined the supposedly transparent product under a microscope, I saw numerous small particles of dust present on its surface.
『顕微鏡で透明であるはずの製品を検査してみたら、その表面にたくさんのホコリの粒子がついているのが見えました。』というように、『ホコリ』のようなものであれば、dust また、表面ではなく中に入ってしまっているような『不純物 』であれば、impurities と言えます。
役に立ちそうな単語とフレーズ
sediment 堆積物、沈殿物、おり
contaminant 混入物質
参考になれば幸いです。
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