こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
I have noticed an error in the cost breakdown of an invoice that I already issued. As both Q1 and Q2 amounts remain unpaid, I would like to request a reissue of the invoice to correct the mistake. If you prefer to adjust it in Q3, please let me know the specific information or format required for the process.
として、『既に発行した請求書の費用内訳に間違いがありました。Q1及びQ2ともの未入金の状態ですので、請求書の再発行をさせていただきたく存じます。また、もしQ3での差分調整がよい場合は、それに必要な情報またはフォーマットを教えて下さい。』とするのはいかがでしょうか。
a reissue of the invoice で『請求書の再発行・差し替え』を表現できますね!
参考になれば幸いです。