I hope your mail notification is turned off on your smartphone.
Sorry to have replied at this late hour.
ご質問ありがとうございます。
① "Sorry to have bothered you late at night."=「夜遅く君を邪魔してごめんね。」
② "I hope your mail notification is turned off on your smartphone."=「君のスマホでメール通知機能はオフになっていると期待しているけど。」
③ "Sorry to have replied at this late hour."=「この遅い時間に返事してごめんね。」
ご参考までに。
友人にカジュアルに言いたいなら、次のように言うと良いですよ。
ーSorry to send this email to you so late at night.
「こんな夜遅くにメール送ってごめんね」
late at night「夜遅くに」
ーSorry it's kind of late, but ....
「遅くにごめんね。…」
Sorry it's kind of late, but の後ろに、要件を入れてください。
ご参考まで!