I didn't know you had messaged me until just now. Sorry about that.
この場合、次のような言い方ができます。
ーSorry, I just realized you sent me a message now.
「ごめんなさい、あなたがメッセージくれてたことに今気が付きました」
I just realized ... now で「…に今気がついた」と言えます。
ーI didn't know you had messaged me until just now. Sorry about that.
「たった今まであなたがメッセージくれたことをわからなかった。ごめんなさい」＝「たった今気がついた」とも言えます。
I didn't know ... until just now. で「たった今まで…と気がつかなかった」
ご参考まで！
カナダ 
