I didn't know you had messaged me until just now. Sorry about that.
この場合、次のような言い方ができます。
ーSorry, I just realized you sent me a message now.
「ごめんなさい、あなたがメッセージくれてたことに今気が付きました」
I just realized ... now で「…に今気がついた」と言えます。
ーI didn't know you had messaged me until just now. Sorry about that.
「たった今まであなたがメッセージくれたことをわからなかった。ごめんなさい」＝「たった今気がついた」とも言えます。
I didn't know ... until just now. で「たった今まで…と気がつかなかった」
ご参考まで！
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
I'm so sorry. I just saw your message.
とすると、「[ごめんなさい](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36337/)。今メッセージに気が付きました。」となります。
I'm sorry. I just noticed your message.
とすると、「ごめんなさい。今メッセージに気が付きました。」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
I just saw your message 今メッセージに気が付きました
I just noticed your message 今メッセージに気が付きました
Sorry for the late reply 返信が遅くなってごめんなさい
somehow missed your message メッセージを見落としていました
参考になれば幸いです。
カナダ 
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