Please cut the stem of the flower about 3 centimeters from the base.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Please cut the stem of the flower about 3 centimeters from the base.
『お花の根本から3センチのところで切ってください』
When you bring flowers home, please cut them about 3 centimeters from the bottom.
『お花を買ってきたら下から3センチのところで切ってください』
Please cut the stem at the third node from the bottom.
『茎の下から3節目のところで切ってください』
Please cut the carrot off right where the stem ends.
『ニンジンのヘタからすぐのところで切り落としてください』
Please cut off about 1 centimeter from the stem.
『ヘタから大体1センチのところで切り落としてください』
とするのはいかがでしょうか。どれくらい切るのかという具体的な長さや箇所を from と合わせて使うことで、『~からOOのところ』という表現ができると思います。
参考になれば幸いです。