He's not really a bad guy. He just very hot and cold.
He's not a bad person deep down. He just has a hot and cold personality.
「ツンデレ」とは、冷たい態度と好意的な態度の両方を持つことですね。英語の直訳はありませんが、friendly「フレンドリーな」や loving「情のこもった」いい態度と、distant「よそよそしい」や unfriendly「距離を置いた」悪い態度のことですね。平たく言えば、前者は hot、後者は cold と言えるので、hot and cold で「ツンデレ」に近いニュアンスになります。
deep down は「本心は」というニュアンスです。