First of all, I'd like my dest to not have anything on it.
First of all, I'd like to keep my desk clear of all things.
empty は容器などが「空の」と言うときに使い、机のような平らなものには使わないので、次のような言い方をすると良いでしょう。
ーFirst of all, I'd like my dest to not have anything on it.
「まず、机に何も置かないようにしたい」
ーFirst of all, I'd like to keep my desk clear of all things.
「まず、机の上のすべての物を片付けておきたい」
ご参考まで!