what counts is your willingness to communicate in English (even of you're not good at it)
what counts is your willingness to communicate in English (even of you're not good at it) = 大事なのは(たとえ英語が上手じゃなくても)英語でコミュニケーションをとるあなたの意欲です。
countの本来の意味は「数を数える」ですが、"~is what counts"という仕組みになり、「~大切だ」「~大事だ」「~重要だ」などの意味になります。
A: I don't have talent for languages.
わたしは言語の才能はないよ。
B: It doesn't matter! It's how much effort you put into studying is what counts.
それは関係ないよ!大事なのは英語を勉強するのにどのくらい努力をしたかだ。
ちなみに、countの後ろにonを付けると、「頼る」の意味をもつcount onという違う動詞になります。