"How are things going with her?"
→「彼女との調子はどう?」
幅広い意味で「調子はどう?」と聞くならこっちですね。質問者があげた状況であれば、相手がまだ落ち込んでいるか、話す心の準備ができているかまだ分からない時にはこのように聞いてみましょう。相手は比較的自由に答えることができます。
"Is everything all right between you two?"
→「あの子とは色々大丈夫?」
一つ上の表現とは対照的に二人の関係に鋭く切り込みたいならこちらの表現ですね。相手のことを心配するニュアンスが失われているわけではないので、失礼にあたるほどの聞き方ではありませんが(さして仲良くない人に訪ねているなら別ですが)相手が傷心中だと答えるのが億劫になってしまうかもしれません。
こういう状況 よくありますよね。
こう言えますよ、
❶How are things going with her lately?
(彼女とは最近どんな感じなの?)
❷Have you worked things out with her yet?
(彼女とはもう話し合った?もう仲直りした?)
❸What’s up with you two lately?
(最近お二人はどんな感じなの?)
と聞けますよ、参考に!