Sorry, but you'll have to pay for that at another counter.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI can't ring that through here, sorry.
「その商品をここのレジで通せません、すみません」
ーSorry, but you'll have to pay for that at another counter.
「申し訳ないですが、その商品は別のカウンターでお支払い願います」
例:
I can't ring that through here, sorry. Do you mind paying for it at 〇〇?
「その商品をここのレジで通せません、すみません。〇〇でお支払いしていただけますか?」
〇〇に店の名前を入れてください。
ご参考まで!