Thank you for taking the time to respond, especially when you're not feeling well.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Thank you for taking the time to respond, especially when you're not feeling well.
とすると、『体調が悪いところご返信ありがとうございます。』と言えます。こちらは『他部署の目上の方』が体調悪いときに返信をしてくれたという状況を想定しています。
役に立ちそうな単語とフレーズ
Thank someone for taking the time to 人が時間を取って~をしてくれたことに感謝する
参考になれば幸いです。
Thank you for your reply despite not feeling well.
I appreciate you getting back to me while you are under the weather.
・Despite not feeling well
「体調が良くないにもかかわらず」という意味です。despite を使うことで、体調が悪いという状況の中でも、わざわざ返信をくれたことへの感謝を強調できます。
・Under the weather
「体調が悪い」を意味する非常にポピュラーな慣用句です。直接的に sick と言うよりも少し柔らかい響きになるため、ビジネスシーンでも相手を気遣う際に重宝します。
・I appreciate you getting back to me
「お返事をいただき感謝いたします」という、目上の方に対しても失礼のない丁寧な言い回しです。