Thank you for taking the time to respond, especially when you're not feeling well.
こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Thank you for taking the time to respond, especially when you're not feeling well.
とすると、『体調が悪いところご返信ありがとうございます。』と言えます。こちらは『他部署の目上の方』が体調悪いときに返信をしてくれたという状況を想定しています。
役に立ちそうな単語とフレーズ
Thank someone for taking the time to 人が時間を取って~をしてくれたことに感謝する
参考になれば幸いです。