The AI system that was installed in the submarine warned its crew about the enemy who attacked them.
この場合、次のような言うと自然な感じで良いと思います。
ーThe AI system that was installed in the submarine warned its crew about the enemy who was attacking them.
「潜水艦に搭載されたAIシステムは敵が攻撃していることを乗組員に警告した」
the AI system that was installed in the submarine「潜水艦に搭載されたAIシステム」
to warn「警告する」
crew「乗組員」
enemy「敵」
ご参考まで!