この場合、次のような言い方ができますよ。
ーIt comes with jalapeños.
「ハラペーニョは付いていますよ」
ーIt's served with jalapeños.
「ハラペーニョを添えて出しますよ」
to come with や to serve with を使って言うと、これだけでもともと付いているニュアンスになります。
ーYou get jalapeños with it anyway.
「いずれにしても(お料理と一緒に)ハラペーニョが付いてますよ」
ご参考まで!
ご質問ありがとうございます。
・「It already comes with jalapeños.」
(意味) これには元々ハラペーニョが入っています
<例文>It already comes with jalapeños but if you want extra you'll have to pay 100 yen.
<訳>これには元々ハラペーニョが入っていますが追加で欲しい場合は100円になります。
参考になれば幸いです。