この場合、kateさんの言い方で合っていますよ!
ーWhich drawer was this pen in?
「このペンどの引き出しにあった?」
または次のようにも言えます。
ーWhich drawer did you find this pen in?
「このペンどの引き出しで見つけたの?」
「このペンどの引き出しから取った?」と聞く場合も、kateさんの言い方で合ってます。
ーWhich drawer did you take this pen from?
ご参考まで!
ご質問ありがとうございます。
・「Which drawer did you find this pen in?」
(意味) このペンどの引き出しにあった?
<例文>Which drawer did you find this pen in?// I found it in that one.
<訳>このペンどの引き出しにあった?//あそこにあったよ。
参考になれば幸いです。