let's use a pencil because you can't use an eraser on a pen
let's use a pencil because you can't use an eraser to erase ink
最初の例文の「let's use a pencil because you can't use an eraser on a pen」は"ペンに消しゴムは使えないから鉛筆を使おう"と言う表現になりますね。鉛筆は「pencil」、消しゴムは「eraser」になり"△△に○○は使えない"は「can't use a ○○ on a △△」で表現しています。
次の例文は変わって"（ペンの）インクを消すには消しゴムを使えないから鉛筆を使おう"となります。こちらの例ではペンそのものを言い指すよりもインクの方を言い指し「erase」で"消す"と言い足してます。
わかりやすいのは
"You can’t erase pen, so let’s use a pencil."
です。会話では pen をそのまま使っても通じますが、より正確には「インク（ink）」を消せないので、
"You can’t erase ink with an eraser, so use a pencil."
の方が自然です。with an eraser を入れることで、「消しゴムで」という意味もはっきり伝わります。
また少し説明っぽく丁寧に言うなら
"Pens can’t be erased, so it’s better to use a pencil."
のように使うと、「ペンは消せないものだから、鉛筆の方がいいよ」というニュアンスになります。
アメリカ合衆国 
