The subway trains run at different depths underground, so they never cross over one another.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーThe subway trains run at different depths underground, so they never cross over one another.
「地下鉄は地下の異なる高度で走っているので、お互いに交差することはない」
ここの「高度」は depth を使って表現すると良いでしょう。
to cross over で「交差する」
ご参考まで！
Because the subway lines are at varying depths, they never cross each other.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
先のアンカーさんが回答されているので、ここでは他の例を挙げてみます。
例えば、
Because the subway lines are at varying depths, they never cross each other.
とすると、『[地下鉄](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/38734/)は異なる高度で走っているので交差することはない』となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
depth 深さ
参考になれば幸いです。
カナダ 
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