全部込みで5万円って英語でなんて言うの？

この場合、次の言い方ができますよ。

ーThat will be 50,000 yen for seeing the doctor, tests, and medicine.
「診療、検査、薬で5万円になります」

ーIt comes to a total of 50,000 yen including taxes.
「合計税込みで5万円です」

ご参考まで！

ご質問ありがとうございます。

・「Your total is 50000yen including the medical examination and medication.」

（意味) 診察、検査、薬合わせて5万円です。

・medication 薬
・examination 検査

参考になれば幸いです。