こんにちは!
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Organizations can be a headache in their own way.
とすると、「組織は組織で[面倒なのね。](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/57876/)」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
a headache 面倒なこと、厄介なこと
in their own way 独自のやり方で、ある意味では
参考になれば幸いです。