一つ目の例文は、「何年前に日本に来ましたか」で、
二つ目の例文は、「何年に日本に来ましたか」です。
A: How many years ago did you come to Japan?
B: 10 years ago. 十年前です。
A: What year did you come to Japan?
B: In 2005. 2005年です。
というように、答えが変わってきますが、主旨は同じです。
How many years have passed since you came to Japan last?
How many years have passed since your last visit to Japan?
日本に来たのが１回だけか何度も来たことがあるのかわかりませんが、
「最後に来たのはいつですか？」
という聞き方です。
直訳すると「最後に来たときから何年経っていますか？」という文で
How many years have passed since ...?
までは同じですが、lastの使い方が異なっています。
日本 
