昔、日本に来たのは何年前ですか？って英語でなんて言うの？

一つ目の例文は、「何年前に日本に来ましたか」で、
二つ目の例文は、「何年に日本に来ましたか」です。

A: How many years ago did you come to Japan?
B: 10 years ago. 　十年前です。

A: What year did you come to Japan?
B: In 2005.　2005年です。

というように、答えが変わってきますが、主旨は同じです。

日本に来たのが１回だけか何度も来たことがあるのかわかりませんが、
「最後に来たのはいつですか？」
という聞き方です。

直訳すると「最後に来たときから何年経っていますか？」という文で
　How many years have passed since ...?
までは同じですが、lastの使い方が異なっています。