弊社で扱っている製品は全て3Dデータを準備しています。って英語でなんて言うの？

・「準備しています」は利用できるということなので availableを使っています。
　これが普通に使えると思います。

・come withは、付属（同梱）している場合に使うと良いです。

　The computer comes with software and games.
　　そのコンピューターにはソフトとゲームが同梱されています。

３Dはきちんとつづれば three-dimensional（通常ハイフンがつくようです。）