Make sure to clean up the pin with the cotton buds before you insert it.
ピンを挿入する前に綿棒でそれを綺麗にしてください。
Cotton buds; 綿棒
Clean up ... with ---; ---で...を綺麗にする
ーーしてくださいの言い方
Make sure to ...; ... を必ずしてください/するよう確認してください。単純にplease ...と繋ぐより工程など指示するときは、こういう言い方がよく使われます。
Make sure if...; かどうか確認する
も汎用性が高いです。
Make sure if it's clean before you insert it.
挿入する前に綺麗かどうか確認してください。