レッスン中ずっとパソコンに向かっていると疲れてしまうのです。
レッスン中に先生に聞くなら、上記の表現で十分でしょう。どうぞ、という話になるはずです。この後に首、肩、手、などを付け加えることはできますが、Is it ok if I stretch my neck (shoulder, hands, fingers) ? ネイティブ的には、おかしく聞こえます。
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ソレイユインターナショナルスクール
状況にもよると思いますが、Do you mind if I stretch now?(今ストレッチしてもいいですか?)と聞いてもよいでしょう。
I need to stretch my neck.(首をストレッチしないと)