メールが届いてないとのことですが迷惑メールにもないですかって英語でなんて言うの？

「By any chance」（もしかして）は丁寧な提案する表現です。
迷惑メールは「spam」と言います。

この場合の「迷惑メール」は迷惑（メール）フォルダーのことなので、Tim さんも答えられている
　spam folder
を使って、

　Did you check the spam folder?　迷惑フォルダーを確認しましたか？
　Can't you find it in the spam folder?　迷惑フォルダーにありませんか？

となります。

> 弊社からのメールが届いていないとのことですが、実は数時間後に「届きませんでした」と返ってきたのです。

前半をまとめて主語にしました

　Our e-mail message that you say you didn't receive
　（届いていないと貴方が言う弊社からのメール）

「届きませんでした」と返ってきたのです。の部分は
　non-delivery notice（不達通知）とともに返された（was returned）
としました。

「実は」は in fact でいいです。

こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：

Could you also check your spam folder?
迷惑メールも確認していただけますか？

Please kindly check your spam folder as well.
迷惑メールもご確認をお願いします。

ぜひ参考にしてください。