Our e-mail message that you say you didn't receive was in fact returned with non-delivery notice a few hours later.
この場合の「迷惑メール」は迷惑（メール）フォルダーのことなので、Tim さんも答えられている
spam folder
を使って、
Did you check the spam folder? 迷惑フォルダーを確認しましたか？
Can't you find it in the spam folder? 迷惑フォルダーにありませんか？
となります。
> 弊社からのメールが届いていないとのことですが、実は数時間後に「届きませんでした」と返ってきたのです。
前半をまとめて主語にしました
Our e-mail message that you say you didn't receive
（届いていないと貴方が言う弊社からのメール）
「届きませんでした」と返ってきたのです。の部分は
non-delivery notice（不達通知）とともに返された（was returned）
としました。
「実は」は in fact でいいです。
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
Could you also check your spam folder?
迷惑メールも確認していただけますか？
Please kindly check your spam folder as well.
迷惑メールもご確認をお願いします。
ぜひ参考にしてください。
アメリカ合衆国 
日本 
