「大変な／大変」は、tough/ challenging / a challenge（※名詞なので、冠詞が必要です） / hard といった言葉で表すとよいでしょう。
ただし、challengingは、この文脈ではネガティブなニュアンスで使われていますが、ポジティブな意味を表す場合もあります。
「でも仕事ですからね」の部分は、But it's my job, you know? などでもいいですね。
Honestly, days are not easy, but it is my duty to accomplish it.
I must admit every day is very hard, but as you know, there is no easy work.
Yes, I am sending hard days, but every working days are hard.
何がどのように大変なのかの情報がないので、まず、
Honestly, days are not easy, but it is my duty to accomplish it.
（正直言えば、日々楽ではありませんが、これをやり遂げるのは私の責務なので）
と言えばどうだろうと考えてみました。
この言い方は 「自分も相手も仕事は責務であり、投げ出してはいけないことなのだ」という共通理解があることを前提にしています。
この共通理解はたぶんあるだろうけど、まず確認しておきたいなというぐらいの関係であれば
I must admit every day is very hard, but as you know, there is no easy work.
(毎日辛いことは認めますが、ご存じのように楽な仕事なんかありませんから）
問いいうような言い方も可能でしょう。
いっそ、
Yes, I am sending hard days, but every working days are hard.
(はい、辛い日々を送っています。ですが、働く日々は辛いものです。）
とまで言ってしまったら違うでしょうか？ 諦めというか、達観した感じは出せるでしょう。
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