organise my thoughts「自分の[考え](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/34807/)を[まとめる](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/44588/)」という使い方があり、アメリカンドラマのFriendsにて、ジョーイとチャンドラーの会話中にもこんなセリフがありました。
C: Where are you going, Joey?
J: For a walk.
C: Do you mind if I join you?
J: Actually, I'd rather be alone...you know, I really need to...organise my thoughts.
C: Your thoughts?...plural?
J: All right, fine! I only have one thought.
ジョーイに考えが複数以上あるのかと、チャンドラーがからかったシーンです。このように、thoughtsを複数形にすることで「考えをまとめる」という意味になります。
put togetherは「~を[まとめる](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/44588/)」という意味の句動詞です。
「[考え](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/34807/)をまとめる」はput one's thoughts together
といいます。
考えがまとまらないと言いたい場合は
I can't put my thoughts together.
と言います。
似た意味の熟語でput one's heads together
があります。
「頭を集める」⇒「一緒に考える、知恵を集める」
という意味になります。
Let's put our heads together.
一緒に考えよう
という風に使います。
一緒におさえておくと会話の幅が広がります。
参考になれば幸いです。