お尋ねの「B君に渡しておく」は「預けておく」ということですね。
「何か(something)をB君に渡して(=預けて)おく」は
leave something with B
で表せます。これは、
He left the message with the hotel.(彼はホテルに伝言を残した。)
という場合と同じ使い方です。
ということで、「B君に渡しておくから、B君から受け取って」は
I'll leave it with B, so please get it from him/her.
というようになります。