1.It is difficult to communicate only through emails
2.It is difficult to understand each other only through emails
メールのやり取りとは、言い換えると「メールを通してコミュニケーションをとる」ということになります。
また、メールをする上で何かと障害が生じている場合、「コミュニケーションをとるのが難しい/お互いを理解し合うのが難しい」ということになるので、以下のようになります。
コミュニケーションをとるのが難しい=It is difficult to communicate
お互いを理解し合うのが難しい=It is difficult to understand each other
メールだけを通して=only through emails
よって、
1.It is difficult to communicate only through emails
2.It is difficult to understand each other only through emails
It is hard to understand each other only through emails.
ネイティブ同士ではない
We are both not native English speakers.
言語のスキル不足
My language abilities are not sufficient.
メールでは表情が分からない
We cannot see each others' facial expressions via email.
だから難しいよね
So it is hard to only communicate through emails.