「コーヒを飲むと胃腸の調子が悪くなる」という他に使える表現を紹介します。
Coffee gives me an upset stomach.
upset stomachは名詞で「胃のむかつき」という意味です。
Coffee upsets my stomach.
upset one's stomachを動詞として「人の胃の調子を悪くする」という意味となります。
また、シンプルな言い方ならこれも使えます:
When I drink coffee, my stomach starts to hurt.
(コーヒーを飲むと(時に)、胃が痛くなる)
make O+動詞の原形で「Oを…させる」という使役表現になります。
ここでのhurtは「痛む」という意味の自動詞です。
make+O[人]+動詞の原形で「(人)に無理やり…させる」という意味で使えますが、今回のように、自然の流れや何らかの結果(コーヒーを飲んだ結果)、個人の意思とは無関係にそうなってしまう状況下でも使えます。